Research

Werkzeuge für das Forschungsdatenmanagement bei CIBSS

Ein effizientes Forschungsdatenmanagement (RDM) ist für eine bahnbrechende Forschung unabdingbar. In CIBSS - Centre for Integrative Biological Signalling Studies - bieten wir eine umfassende Reihe von Tools an, die es Forscher*innen erleichtern, ihre Daten nach den höchsten FAIR Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) zu verwalten, zu teilen und zu bewahren. Eine Auswahl dieser Tools wurde von einer Reihe von CIBSS-Forschungsprojekten übernommen, während andere, darunter OMERO und fredato, von CIBSS-Mitgliedern installiert und angepasst wurden, um die spezifischen Bedürfnisse der Datenverwaltung und -zusammenarbeit innerhalb und außerhalb der Forschungsgemeinschaft zu erfüllen. Es steht eine umfassende Reihe von Ressourcen zur Verfügung, die innovative, auf die fortgeschrittene biologische Signalforschung zugeschnittene Lösungen bieten.

 

 

 

Von CIBSS verwendete Tools zur Verwaltung von Forschungsdaten:

Omero — Open Microscopy Environment Remote Objects

CIBSS hat eine Mikroskopie-Imaging-Plattform namens OMERO angepasst, um Mikroskopie-Rohdaten aus Veröffentlichungen zu speichern, zu organisieren und weiterzugeben, die über 150 Dateiformate unterstützt.

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fredato — Freiburg Research Data Tool

CIBSS hat fredato angepasst, ein benutzerfreundliches Tool für die Verwaltung von Forschungsdaten, die Synchronisierung von Projekten und die Rationalisierung digitaler Arbeitsabläufe mit Cloud-Speicher und GitLab-Integration

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bwSFS — Baden-Württemberg Storage For Science

bwSFS Storage in CIBSS bietet sicheren, geo-redundanten Datenspeicher für Forschungsgruppen mit anpassbarem Zugang für die gemeinsame Nutzung von Daten

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Galaxy

Galaxy ist eine Open-Source-Plattform für die FAIR-Datenanalyse, die benutzerfreundliche Arbeitsabläufe, interaktive Umgebungen und Werkzeuge zur Verwaltung, gemeinsamen Nutzung und Reproduktion datengestützter Forschung bietet.

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eLabFTW — Electronic Lab For The World

eLabFTW ist ein kostenloses, quelloffenes, elektronisches Labornotizbuch zur sicheren und effizienten Verfolgung von Experimenten und Verwaltung von Laboren. In CIBSS wird eLabFTW zur Verwaltung von Einzelmolekül-Fluoreszenzdaten, einschließlich Proteinkolokalisierung, Clusterbildung und Phasentrennungsvideos, zusammen mit Analysedateien verwendet. 

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PRIDE — PRoteomics IDEntifications Database

Das PRIDE-Archiv ist eine öffentliche Datenbank für massenspektrometrische Proteomikdaten, einschließlich Proteinidentifizierungen, Expressionswerten und unterstützenden Spektren. Es ist Teil des ProteomeXchange-Konsortiums und ermöglicht eine standardisierte Datenübermittlung. In CIBSS speichert PRIDE Massenspektrometriedaten, wie den Datensatz PXD047277, und stellt sie über das ProteomeXchange Konsortium zur Verfügung.

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GitHub

GitHub ist eine webbasierte Plattform für das Hosting und die gemeinsame Nutzung von freier und Open-Source-Software. Sie bietet Versionskontrolle, Diskussionsforen für Projekte, DevOps-Tools zum Erstellen und Testen von Software, Fehlerverfolgung und Dokumentationshosting und fördert so die Zusammenarbeit. Bei CIBSS wird GitHub zum Speichern und Freigeben von Protokollen, Skripten und Codes verwendet, um die gemeinschaftliche Forschung und Entwicklung zu unterstützen. 

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dtool

dtool ist eine Software-Suite für die Verwaltung wissenschaftlicher Daten, die eine Befehlszeilenschnittstelle und eine Python-API zum Organisieren, Übertragen und Überprüfen von Datensätzen auf verschiedenen Speichersystemen bietet. In CIBSS verwenden wir dtool mit dem dtool-lookup-gui und einem Lookup-Server für die effiziente, langfristige Verwaltung von Forschungsdaten, einschließlich Einzelmolekül-Fluoreszenz-Tracking-Daten, Fluoreszenzvideos von Zellen für die Kolokalisierung von Proteinen, Clusterbildung und Phasentrennung, zusammen mit allen entsprechenden Analysedateien. 

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Zur Forschungsinfrastruktur der Universität Freiburg gehören weitere zentrale Einrichtungen und Technologieplattformen, die an der Universität sowie an der Medizinischen Fakultät betrieben werden und allen Forscher*innen in Freiburg zur Verfügung stehen.

Forschungsinfrastrukturen Universität Freiburg 

Forschungsinfrastrukturen Medizinische Fakultät 

 

 

Kontakt


Wenn Sie Fragen zu den Forschungsdatenmanagement-Tools von CIBSS haben oder generell mehr über unser Forschungsdatenmanagement wissen möchten, wenden Sie sich an

Göktug Islamoglu unter goktug.islamoglu(at)cibss.uni-freiburg.de